Les règles de fonctionnement de la commission et les modalités d'examen des recours sont précisées par arrêté conjoint du ministre de la défense et du ministre chargé du budget.
Pour l'exercice des attributions prévues par les articles R. 711-1 et R. 711-2, le président de la commission peut déléguer sa signature au rapporteur général ou au rapporteur général adjoint.